どうしてもポーリングではなく割り込み処理にてGPIOを監視したかったので調べていたら最近wiringPi.hにwiringPiISRと呼ばれる頼もしい関数が追加されたようなので試してみました。
下記のサンプルコードではRaspberry Piにポケットガイガー Type5をGPIO 2にシグナル、GPIO 3にノイズを接続して100マイクロ秒で送られてくるパルスを検知します。

#include <wiringPi.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>

void signal(void){
        printf("Signal\n");
}

void noise(void){
        printf("Noise\n");
}

int main(void){
        int setup = 0;
        setup = wiringPiSetupSys();
        while(setup != -1){
                wiringPiISR( 30, INT_EDGE_FALLING, signal );
                wiringPiISR( 31, INT_EDGE_RISING,  noise  );
                sleep(10000);
        }
        return 0;
}

コンパイル
$ sudo gcc Interrupt.c -lwiringPi

実行結果（最初ポケットガイガー Type5をつついてノイズを発生させてみました）
$ ./a.out
Noise
Signal
Noise
Signal
Noise
Noise
Noise
Signal
Signal
Noise
Noise
Signal
Signal
Noise
Signal
Signal
Signal
Signal
Signal
Signal

他にもwaitForInterruptという関数もあるようですがwiringPiISRの方が便利かもしれません。

当たり前ですがこれをポーリングで書くとsleepがほとんど使えない状態になるのでCPU使用率が偉いことになりますｗ

組み込みLinuxの世界も楽しいものですね。

追記
プログラムに下記のように記述しておりましたのを修正しました。
wiringPiISR( 2, INT_EDGE_BOTH, signal );
wiringPiISR( 3, INT_EDGE_BOTH, noise );

ポケットガイガーのシグナルは通常はHighで検知されるとlowとなります。ノイズは通常lowで信号が検知されるとhighとなります。ここで”INT_EDGE_BOTH”を指定すると、信号が来て割り込みが発生し、通常の状態に戻ったときも割り込みが発生します。つまり一回の検知で２回割り込みが発生してしまうということになります。
そのため、個別できちんと指定する必要が有るようです。